明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。　　当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，...

STORY故事背景開始在西元 2029年，地中海沿岸的地基忽然間下沉，導致了氧氣忽然間消失，而自此之後原本存在的各種元素也陸續的消失。由於自然界中的各種元素不復存在，因此無論是建築物、森林、動物等各種生命也逐一的消失了，此時的人類也才深深的感受到這些「元素」的重要性。在那之後又經過了 60 年，人口也減至為十分之一，而根據調查的結果，發現消失的元素都流向了次元另一側的另一個地球「ネガアース」。...